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Cuenta con 11 salas en las que se exhiben 7.167 objetos relacionados con numismática (monedas y billetes), fotografía, zoología, botánica, petrografía (rocas y minerales), etnografía (atuendos), arqueología y anatomía humana. Este exhibidor empezó a funcionar en 1920 con una colección de zoología que fue adquirida por el rector de ese entonces, Víctor Manuel Garcés. En las décadas sucesivas se compraron otros artículos o se recibieron donaciones que provinieron de las 4 regiones del Ecuador.

En la actualidad están registradas 1.304 aves naturalizadas, 288 mamíferos, 41 especies de reptiles anfibios. También, 564 especies de crustáceos, moluscos y equinodermos (invertebrados marinos). Además, 161 reptiles conservados en frascos, 41 fenómenos naturales, 1.855 insectos en cajas, 766 piezas arqueológicas, 124 de etnografía, 229 de petrografía y otros. 

Durante la fiesta mayor ambateña llegan a visitarlo más de 6 mil personas en 5 días.